Патогенеза истражује развој болести и ланац догађаја повезаних са њом, који корак по корак одређују морфо-функционалне промене ћелија и ткива које припадају захваћеним органима. Ове промене могу бити узроковане хемијским, физичким или биолошким агенсима (вируси, бактерије итд.).
Стога бисмо могли дефинирати патогенезу као механизам помоћу којег етиолошки узрочник (узрочник, на примјер бактерија или зрачење) одређује болест. Није случајно што израз патогенеза потиче од сједињења грчких речи патос, "болест", нпр генесис, "стварање".
Док етиологија дефинише узроке, патогенеза проучава последице.
У читању медицинских текстова стога можемо наићи на термине као што су: микробна патогенеза, упална патогенеза, вирусна патогенеза, малигна патогенеза (тенденција болести, обично тумора, да се прогресивно погоршава све док не постане потенцијално смртоносна). Многе болести препознају различите узрочне факторе (мултифакторска етиологија), а још су бројнији они које карактеризирају различити еволуцијски механизми (вишеструка патогенеза).