Варење угљених хидрата почиње у усној шупљини и наставља се у цревима, где се апсорбују различити хранљиви састојци. Сврха овог процеса је хидролиза дисахарида, олигосахарида и полисахарида у појединачне моносахариде који их сачињавају, како би их апсорбује цревна слузница. За оно што је речено, шећери уведени исхраном, попут глукозе и фруктозе, не захтевају никакав процес варења и апсорбују се као такви. Глукоза се нарочито апсорбује активним транспортом, док фруктоза прелази цревну слузницу олакшаном дифузијом; следи да се левулоза спорије апсорбује и то доприноси снижавању гликемијског индекса.
Скроб чини претежни део сложених угљених хидрата узетих у уравнотеженој исхрани; састоји се од многих јединица глукозе повезане линеарно (амилоза) и разгранате (амилопектин), а углавном се уноси кроз кромпир, махунарке, житарице и деривате, попут тестенина и хлеба. Његово варење почиње у устима, где га нападају пљувачне α-амилазе, које ослобађају малтозу и изомалтозу (дисахариди настали удруживањем две јединице глукозе, спојене α-1,4 и α-1,6 везама), малтотриоза (овог пута постоје три молекула глукозе) и декстрини (7-9 јединица глукозе, уз присуство гране) .усна шупљина.
Активност пљувачних α-амилаза престаје у желуцу, због киселости која карактерише гастрично окружење. Варење угљених хидрата се наставља и завршава у танком цреву, захваљујући комбинованом деловању сокова панкреаса и црева. Прво, постоји ензим а-амилазе сличан пљувачком, који као такав претвара скроб у малтозу и декстрине. Они се не могу хидролизовати амилазима панкреаса и подлежу дејству посебних ензима за дерамификацију (α-1,6 гликозидаза, α-декстриназа или изомалтаза) присутних у епителним ћелијама танког црева. На овом нивоу налазимо додатне ензиме укључене у варење дисахарида; сахараза, на пример, доводи до стварања глукозе и фруктозе почевши од молекула сахарозе и обезбеђује хидролизу малтозе и малтотриозе у синергији са ензимом малтазом; на крају, лактаза пробавља млечни шећер разлажући га на глукозу и галактозу (недостатак овог ензима, који је врло чест у одраслој доби, посебно код црнаца, одговоран је за интолеранцију на лактозу).
Када се заврши варење угљених хидрата у појединачне моносахариде који их сачињавају, шећери су спремни за апсорпцију. Очекивано, до ове апсорпције може доћи олакшаном дифузијом (фруктоза) или активним транспортом (глукоза, галактоза).
Нису сви угљени хидрати уведени исхраном сварљиви, па чак и сам скроб, нарочито сиров, може бити тешко сварљив. Нека поврћа, попут махунарки, садрже, на пример, непробављиве олигосахариде (рафиноза, вербаскоза и стахиоза). Исто важи и за дијететска влакна, укључујући целулозу. Уместо тога, варење ових угљених хидрата могуће је за друге животиње, попут преживара, и за бактерије присутне у нашем дебелом цреву. Ови микроорганизми ферментирају дијетална влакна производећи масне киселине са лаксативним, трофичним учинком на слузницу дебелог цријева и драгоцјеним за опће здравље цијелог организма.
